Testei a query no SQL Server e o texto era retornado normalmente, então o problema só poderia estar no PHP.
Comecei a procurar sobre algum erro do ISS + PHP, o que não faltava no servidor, mas nenhum resultado.
Foi quando encontrei em um forum um desenvolvedor com o mesmo problema, a solução era mais simples do que imaginei.

Bastou adicionar no inicio do arquivo index.php as linhas:

ini_set('mssql.textlimit','16000');
ini_set('mssql.textsize','16000');

O valor padrão para as duas opções é 4096, o tamanho que recebia antes da query.
Você pode definir o valor que achar melhor, para o meu caso 16000 foi suficiente.

Até um próximo post.